Neljä yksikköä vastaa Finnpilotin operatiivisesta toiminnasta, taloudesta ja hallinnosta. Operatiiviset yksiköt ovat luotsaus ja kuljetus.
Luotsausyksikkö vastaa luotsauspalveluista ja –alueista sekä luotsinvälityksestä.
Luotsausjohtajana toimii Kari Kosonen.
Kuljetusyksikkö vastaa kuljetuspalveluista, kiinteistöistä ja kalustosta.
Kuljetusjohtajana toimii Jarkko Saulio.
Talousyksikkö vastaa talouden suunnittelusta, controlling-toiminnosta ja kirjanpidosta.
Talousjohtajana toimii Timo Sirén.
Henkilöstöyksikkö vastaa henkilöstö- ja lakiasioista sekä palkanlaskennasta.
Yksikön johtajana toimii toistaiseksi Timo Sirén.
Finnpilot Pilotage Oy:n toimitusjohtaja on Matti Pajula.