Toimitusjohtaja huolehtii hallituksen päätösten toimeenpanosta ja noudattaa hallituksen määräyksiä. Hän antaa hallitukselle tietoja yhtiön rakenteesta, liiketoiminnasta ja markkinoinnista sekä toiminnan kannalta merkittävistä toimenpiteistä ja tapahtumista. Toimitusjohtajan toimisuhteen ehdot on määritelty hallituksen hyväksymässä kirjallisessa toimitusjohtajasopimuksessa.
Finnpilotin toimitusjohtajana toimii merikapteeni, MHT Matti Pajula. Hän on toimi myös osakeyhtiöstä edeltävän Luotsausliikelaitoksen (2004-2010) toimitusjohtajana.
Finnpilotin johtoryhmään kuuluvat sen puheenjohtajana toimiva toimitusjohtaja sekä yksiköiden johtajat. Viestintä osallistuu johtoryhmän työskentelyyn.