Verkställande direktören sörjer också för verkställandet av styrelsens beslut och iakttar styrelsens bestämmelser. Han ger styrelsen information om Finnpilots struktur, affärsverksamhet och marknadsföring samt åtgärder och händelser som har betydelse för verksamheten. Villkoren för verkställande direktörens befattningsförhållande har fastställts i det av styrelsen godkända skriftliga avtalet för verkställande direktören.
Verkställande direktör för Finnpilot är sjökapten, MHT (examen i företagsadministration) Matti Pajula. Han har varit verkställande direktör ända sedan Finnpilot grundades. Tidigare var han direktör för Sjöfartsverkets lotsningsenhet fr.o.m. 2003.
I Finnpilots ledningsgrupp ingår verkställande direktören som ordförande samt tre andra medlemmar. Sekreterare för gruppen är verkställande direktörens assistent.